医保卡是刷余额还是报销，和参保人使用医保卡支付的费用来源是有关系：
1、刷余额
医保卡刷余额所使用的是其医保个人账户的资金，按照我国医疗保险的相应规定，医保个人账户中的资金主要是用于支付参保人的门诊费用、在药店购买药品的费用还有就医治疗中需要参保人自己承担的那部分资金。
比如说在治疗过程中，甲类药物和乙类药物都是可以进行医保报销的，但是使用乙类药物是需要参保人先付一部分的，再按照报销比例进行结算，这些先付的部分还有统筹账户按照比例没有进行报销的那部分费用，就可以被参保人使用医保卡余额进行支付，需要注意的是，医保卡的个人账户余额只能够在定点医疗机构还有实现医保联网的连锁药店进行使用，并且一般情况下，只有职工医保的参保人是有建设个人医保账户，并且能够进行使用和支付的。
2、报销
如果该参保人是对于自己的住院治疗的相关费用进行支付，那么医保卡的主要作用就是报销，不管是职工医保的参保人还是居民医保的参保人，只要有按时缴纳医保，那么都可以使用医保进行报销，定点医疗机构一般都会有医保卡结算窗口，参保人可以直接拿着医保卡进行结算，电脑系统会自动计算可以报销的比例，参保人再支付自己需要承担的那部分费用就可以了。
随着门诊共济制度的建设和推进，现在门诊费用达到了一定费用标准，也是可以按照比例进行报销的，所以很多情况下，医保卡是刷余额和医保报销一起进行的。在比较早之前，参保人因为没有携带医保卡，先自付了各种费用，之后想要进行报销就需要准备不少的材料，现在开设了电子医保卡凭证，就算没有携带医保卡，也可以使用电子凭证进行就医费用的支付和报销。