住院押金是直接用于扣除的。住院押金一般是患者在入院时，凭身份证和医生入院安排，在住院部先缴纳住院押金后再住院，那么患者在住院治疗的过程当中，医院就可以将无法用医保报销的药品、器械以及相关检查治疗医疗费用，用住院押金进行扣除，当住院押金不足以抵扣的时候，医院会通知患者继续缴费。
需要注意的是，医保卡中的钱，是不能当做住院押金使用的。
而在患者出院的时候，可以在医院的结算窗口直接用医保报销医保范围内的医疗费用，医保无法报销的部分，则会用住院押金抵扣，多退少补。或者如果医保卡的个人账户中有钱的话，也可以用个人账户中的钱支付个人自费医疗费用。
不同医院的规定可能有所差异，建议患者在住院之前可以先和医院进行沟通，看住院押金和医保的使用方式究竟是怎样的。