南京银行有存款保险。南京银行成立于1996年，是一家由国有股份、中资法人股份、外资股份以及多个股份共同组成股份制商业银行，主要经营业务范围包括了吸收公众存款、发放短期/中期/长期贷款、办理国内结算、办理票据承兑与贴现、发行金融债券、从事银行卡业务、代理收款项及代理保险业务以及其他经过中国银行业监督管理委员会批准的业务，属于国家正规银行。因此，南京银行是有存款保险的，而在南京银行的线下网点以及官网中，也可以看到其有存款保险进行保障的标志。
存款保险是指国家通过立法形式，对公众的存款提供明确的法律保障，属于一项金融业基础性制度安排，主要可在成员机构发生经营危机或面临破产倒闭的时候，向其提供财务救助或者直接向存款人支付部分或全部存款。
一般来说，凡是在我国境内设立的、通过中国银监会审批设立的银行业金融机构，都有存款保险。