汽车自燃保险公司是否赔付，需要看有没有购买自燃险。如果汽车自燃没有买自燃险，保险公司是不赔的。如果汽车买了自燃险，保险公司会根据实际情况进行理赔。
在综合车改后，自燃险是属于机动车车辆损失保险的一个附加险种，保障内容跟以前是一致的，保障的是由车辆电路、线路、油路、供油系统、货物自身发生问题、机动车运转摩擦起火而引发的火灾，从而导致保险车辆的损失。还可以保障被保险人在发生保险事故时，为减少保险车辆损失而支付的合理施救费用。
但是不是所有情况的自燃险都会赔的，不赔的情况包括了：
1、自燃仅造成电器、线路、油路、供油系统以及供气系统损失的。
2、擅自改装，加装电器及设备导致被保车辆起火造成的损失。
3、在使用被保车辆过程中，因违反车辆安全操作规则造成的损失。