皖惠保第二季不能报销的疾病包括：
1.被保险人在保险合同等待期前罹患的既往症，包括被保险人等待期前医生已有明确诊断，长期治疗未间断，或治疗后症状没有完全消失，需要间断服药或接受治疗的疾病，以及被保险人等待期前，没有经过医生诊断和治疗，但是症状已经显现且足以使得普通谨慎人士引起注意并寻求诊断治疗或护理的病症，但部分特定既往症除外；
2.工伤、医疗事故；
3.当地医保规定的不予支付的相关医疗费用；
4.被保险人在等待期内发生的医疗费用，或者在等待期内发生的疾病但是在等待期之后因此而发生的医疗费用（意外导致发生的医疗费用不在此列）。
需要注意的是，对于一些保险合同特别约定的既往症，保险公司在扣除免赔额后还是可以报销30%的医疗费用的，包括恶性肿瘤（含白血病、淋巴瘤、原位癌）、慢性肾功能不全、慢性肾功能衰弱、慢性肝功能不全、肝硬化、慢性肝功能衰竭、冠心病、心肌梗死、心脏破裂、心脏卒中、慢性心功能不全、慢性心衰、主动脉疾病、脑栓塞、脑梗塞、脑出血、脑卒中、高血压1级（极高危组）、高血压2级（极高危组）、高血压3级及高血压3级（极高危组）、Ⅰ型糖尿病、Ⅱ型糖尿病、糖尿病伴并发症、慢性阻塞性肺病、慢性呼吸衰竭、间质性肺炎、系统性红斑狼疮、再生障碍性贫血、溃疡性结肠炎、先天性疾病、基因型疾病、神经系统退行性疾病。