在停薪留职期间的员工社保问题需要与公司商议，按用人单位规定执行，如劳动合同上注明，停薪留职单位会继续缴纳社保，那么自然可以按照合同上面的规定来，反之则需要员工自行缴纳。
根据目前的司法实践，一般原则下，如果劳动者在停薪留职期间，未与用人单位就社保缴纳问题做相关明确约定或签订书面协议，劳动者虽在停工留薪期内与用人单位仍然保有劳动关系，但实际上没有给用人单位提供过劳务，也不接受用人单位的日常管理，那么，用人单位一般便无义务为劳动者缴纳该期间的社会保险费，劳动者缴纳社保的诉求，一般也不会得到仲裁机构的支持。因此，劳动者再停薪留职之前，最好就社保缴纳的问题与用人单位达成一致，以免影响相关的社保待遇。