如车主购买了商业险中的车损险，那么洪水淹车保险公司是会理赔的。通常情况下，属于财险理赔范围的有：火灾；爆炸（不包括锅炉爆炸）；雷电；飓风、台风、风暴、龙卷风；暴雨、洪水；冰雹；地崩、山崩、雪崩；火山爆发；地面下陷下沉等。
需要注意的是，以下两种情况可能会被拒赔：
1、车辆在涉水行驶过程中发动机熄火，因强行二次启动导致发动机进水损坏的，保险公司可以拒赔。所以，在涉水行车时，车辆一旦熄火，千万不要再次强行点火。
2、明知积水严重还试图开车闯过去，并因此导致发动机损坏的，保险公司不予理赔。所以，如果路面积水已经淹没1/2的轮胎，最好不要再往前开。事故发生后，车主不要试图移动车辆或发动车辆，应尽快报案，时间上不能超过48小时。至于车子的具体赔付损失情况，要由保险公司判定。