农村合作医疗和职工医疗保险的区别如下：
1、参保对象不同
职工医疗保险是用人单位为在职职工提供的医疗保障，而农村医保参保对象主要是当地的村民。
2、缴费主体不同
职工医疗保险是用人单位和个人共同缴纳医疗保险费，农村医保是由政府组织，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
3、缴费方式不同
职工医疗保险需要缴纳时间达到一定的年限(一般需要连续缴纳六个月)，用户才可享受报销待遇。农村合作医疗是农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
4、报销比例不同
新农合在农村乡镇医院的报销比例最高，到市级以上医院报销比例相对社保较少。职工医保一般在定点医院看病报销比例最高，其它医院报销比例会降低。