会。在办理公积金贷款时，如果公积金账户的余额不足以扣款，还款将有以下情况：
首先，公积金账户的钱不够扣款时，还款日当天将会从贷款人的银行卡中扣款。具体的扣款时间以贷款人所使用的银行为准。
其次，办理公积金贷款时，一般会选择按月冲还的方式。每个月，银行会委托从公积金账户划账到还款卡进行扣款。如果公积金账户的余额不足以扣款，银行将直接从提供的还款卡中扣除相应的款项。
因此，贷款人最好在还款日前一天将足够的金额存入银行卡中，以确保还款的及时完成。
公积金缴存账户余额是什么意思?
公积金缴存余额是指每个月个人缴纳的公积金金额在汇缴到个人公积金账户后的总余额。每个月，单位和个人按照一定的基数和比例向个人公积金账户缴纳公积金。当地的住房公积金管理部门根据单位和个人缴纳的公积金数额，将这些款项汇缴存入个人公积金账户中。汇缴入账后，个人公积金账户中的原有余额和新交入的金额会相加，形成总的缴存余额。