定义不同：公允价值套期是指对已确认的资产或负债、未确认的确定承诺或对上述项目组成部分公允价值变动的风险敞口进行套期。现金流量套期是指对现金流量变化的风险敞口进行套期保值。该等现金流量变动源于与确认资产或负债、极有可能发生的预期交易或上述项目组成部分相关的特定风险，并将影响企业的损益。
套期目的不同：公允价值套期，主要在于锁定现有或预期持有的资产或者负债的公允价值。
现金价值，主要在于锁定容易发生预期交易收入或者支付的现金流量金额。
套期项目不同：公允价值套期时，被套期项目是已确认的资产或负债(现已反映在账面上)，而尚未确认(记录)的已确认承诺的未来履约后将在该资产或负债的有效期内记录在被套期工具中。现金流量套期的被套期项目是未来极有可能发生的交易收益或现金流量支付金额。
会计处理不同：
1. 工具公允价值变动时：公允价值套期，是在确定套期工具公允价值变动的同时，确认被套期目的公允价值的变动。
现金流量套期，仅仅是单边确认套期工具的公允价值变动。
2、工具到期时：公允价值是将被套期项目的这一科目的余额，转移至套期项目对应的科目，反映出对被套期项目公允价值变动的套期对冲结果。现金流量套期的目的是在交易时抵消相关资产和负债的现金流量，而这一目的实际上已经通过在套期工具到期时接收或支付相应的现金实现。
抵销影响的财务报表不同：公允价值套期实际上是通过套期工具来抵消被套期项目的最终处置对损益表的影响。如果套期有效性正好为100%，且套期工具的到期日与被套期项目的处置日在同一财务报表期间，则套期损益仅为0，这反映了套期工具对损益表影响的完美套期。
现金流量套期实际上是为了通过套期工具抵消被套期项目的最终处置对现金流量表的影响。同时，套期工具公允价值的变动从其他综合收益中暂停，最终结转至相应的资产负债科目，或相应的资产负债处置损益科目。
公允价值变动损益的分录处理？
公允价值上升：
借：交易性金融资产——公允价值变动，
贷：公允价值变动损益。
公允价值下降：
借：公允价值变动损益，
贷：交易性金融资产——公允价值变动。
出售交易性金融资产：
借：银行存款等，
贷：交易性金融资产，
投资收益(差额，也可能在借方)。
同时：
借：公允价值变动损益，
贷：投资收益。
或：
借：投资收益，
贷：公允价值变动损益。